Οι εκτιμήσεις καθαρού αντίκτυπου διαδραματίζουν έναν ρόλο σε όλους τους τύπους αξιολόγησης, μεταξύ
άλλων στην αξιολόγηση επιπτώσεων και στην αξιολόγηση εφαρμογής. Οι αξιολογήσεις εφαρμογής προς
στήριξη της ομαλής υλοποίησης ενός προγράμματος είναι πιθανότερο να φανούν χρήσιμες κατά τα αρχικά
στάδια της εφαρμογής. Η αξιολόγηση που αποτυπώνει τα αποτελέσματα των προτεραιοτήτων και εξετάζει την
οικεία θεωρία της αλλαγής θα πραγματοποιηθεί σε μεταγενέστερο στάδιο. Οι νομικές διατάξεις δεν εμποδίζουν
τη διενέργεια ενδιάμεσων αξιολογήσεων από τα κράτη μέλη.

Η Επιτροπή ενθαρρύνει τα κράτη μέλη να συμπεριλαμβάνουν προαιρετικά την αξιολόγηση των επιπτώσεων που
είχαν παρόμοιες παρεμβάσεις σε προηγούμενη Προγραμματική Περίοδο. Αυτό μπορεί αποδειχθεί χρήσιμο,
καθώς σε πολλές παρεμβάσεις χρειάζονται χρόνια για την πλήρη υλοποίηση των αποτελεσμάτων (π.χ. για
υποδομές μεγάλης κλίμακας, έργα ΕΤΑ). Τουλάχιστον μία φορά κατά τη διάρκεια της Προγραμματικής Περιόδου,
αξιολογείται ο τρόπος με τον οποίο η στήριξη από τα Ταμεία Συνοχής συνέβαλε στους στόχους της κάθε
προτεραιότητας. Οι αξιολογήσεις του αντίκτυπου σύμφωνα με τις κατευθυντήριες γραμμές της Επιτροπής θα
πρέπει να χρησιμοποιούν προσεγγίσεις που βασίζονται στη θεωρία· οι μέθοδοι που βασίζονται στα
αντιπαραδείγματα είναι επίσης κατάλληλα εργαλεία.

Η αξιολόγηση του αντίκτυπου με αντιπαράδειγμα είναι ένα σύνολο τεχνικών που προέρχονται από τη στατιστική
και την ιατρική επιστήμη και έχουν τη δυνατότητα να δώσουν αξιόπιστη απάντηση στην ερώτηση
«Έχει αποτέλεσμα;». Το κεντρικό ερώτημα των αντίστροφων αξιολογήσεων είναι μάλλον περιορισμένο —
τι διαφορά κάνει ένας χειρισμός; Στη συνέχεια, η μέθοδος παράγει απαντήσεις που είναι κατά κανόνα αριθμοί,
κατά κανόνα διαφορές, στις οποίες είναι εύλογο να δοθεί μια αιτιολογική ερμηνεία με βάση εμπειρικά στοιχεία και
ορισμένες υποθέσεις. Η διαφορά που παρατηρείται στο αποτέλεσμα μετά την εφαρμογή της παρέμβασης
προκαλείται από την ίδια την παρέμβαση ή από κάτι άλλο; Οι αξιολογήσεις αυτού του τύπου βασίζονται σε
μοντέλα αιτίου και αποτελέσματος και απαιτούν ένα αξιόπιστο και αυστηρά καθορισμένο αντιπαράδειγμα για τον
έλεγχο παραγόντων διαφορετικών από την παρέμβαση που μπορεί να εξηγήσει την παρατηρούμενη αλλαγή.

Στο πλαίσιο του Interreg, η εφαρμογή τέτοιων μεθόδων αντιμετωπίζει πολυάριθμες προκλήσεις που σχετίζονται
π.χ. με το οικονομικό μέγεθος των προγραμμάτων σε σχέση με άλλους παράγοντες. Συνολικά, οι παραμεθόριες
περιοχές συγκεντρώνουν το 37,5% του πληθυσμού της ΕΕ. Ωστόσο, τα προγράμματα διασυνοριακής συνεργασίας
λαμβάνουν συγκριτικά μικρή χρηματοδότηση (~5% του ΕΤΠΑ και ~2% όλων των κονδυλίων των Ευρωπαϊκών
Διαρθρωτικών και Επενδυτικών Ταμείων). Τα προγράμματα διασυνοριακής συνεργασίας έχουν συνήθως μικρό
αριθμό δικαιούχων, επομένως μικρό αριθμό παρεμβάσεων, ενώ πολλά άλλα ταμεία στοχεύουν στην ίδια
γεωγραφική περιοχή, συχνά σε επικαλυπτόμενα θεματικά πεδία.